宗喀巴大师的两大弟子叫根登和克珠杰。根登后来成为第三世，克珠杰是宗喀巴最得意的理论弟子。他们一个主修密宗，一个专攻显宗，两人合起来把大师的学说传遍西藏。

他们这样被称作两大弟子是有原因的。首先根登在1409年主持了甘丹寺的建立，这是宗喀巴学说的核心道场。克珠杰写了二十多部著作，比如《中论正理论疏》，把大师的显宗理论讲得特别清楚。数据上显示两人合著的《菩提道次第广论》被翻刻了117次，说明影响深远。根登当后，把密宗仪轨传给蒙古贵族，而克珠杰的弟子里出了很多大活佛。后来清朝皇帝还专门请克珠杰的弟子讲经，说明他们地位不同寻常。不过要注意的是，历史上有个叫宗喀巴的弟子叫洛桑扎巴，但主要传承都集中在根登和克珠杰身上。要提醒的是，有些资料会写克珠杰是宗喀巴亲传弟子，这个亲传说法在藏史里是算得着的，因为两人师徒关系持续了整整三十年。