96孔板个别孔污染主要是离心不彻底和密封不严造成的。操作时要把孔板放平，用离心机转30秒甩干液体，甩完轻拍孔板边缘让气泡跑掉。如果孔板边缘有裂缝或垫片老化，灰尘会从裂缝钻进去污染孔。

因为离心机转速不够或时间太短，残留液体可能在孔底形成气泡。比如离心30秒转速3500转的实验显示，有12%的孔残留液超过3滴，这些残留液在后续实验中会污染后续试剂。另外孔板密封圈老化后，直径缩小0.2毫米就会让灰尘从缝隙进入。实验室测试发现，使用超过6个月的孔板，有23%的孔出现微生物污染，而新孔板只有5%的孔有污染。所以每次实验前都要检查孔板边缘是否平整，垫片有没有裂纹，甩干后必须轻拍边缘至少3次。