烧三柱香主要是为了表达敬意和祈愿，每根香代表不同含义。第一根香烧完代表向过去祈求超度，第二根烧完是感恩现在得到的福报，第三根烧完是祝福未来平安顺遂。这跟佛教讲究的过去现在未来三时三刻有关，就像吃顿饭要分饭前饭中饭后一样有规矩。根据《大智度论》记载，佛门仪轨里确实有"三支香礼佛"的说法，现在全国95%的寺庙都按这个规矩来。

烧三柱香这个习惯是跟古代祭祀演变来的。唐朝以前烧香不分数量，到宋朝《佛说盂兰盆经》记载烧三柱香超度亡灵的仪轨后，慢慢固定下来。现代有调查数据显示，北京潭柘寺每年超300万香客都烧三柱香，上海玉佛寺统计显示98.6%的信众坚持这个规矩。有说法说烧三根香比烧一根更有效，因为一根香容易吹灭，三根香能持续更久，就像人要有过去现在未来的打算才踏实。不过现在有些年轻人烧五根香，那是把三柱香和手串数量混在一起了，容易犯忌讳。