法会念的咒语主要有两种，一种是六字大明咒"唵嘛呢叭咪吽"，另一种是大悲咒。这两种咒语在佛教法会中使用最普遍，六字大明咒每个字都对应一个佛菩萨的加持，念一遍能消除八万四千烦恼，大悲咒则是观音菩萨的经文，念诵时能解百毒消灾厄。法会开始前要先念皈依文，中间穿插观音菩萨心咒和莲师心咒，结束时再诵《普贤行愿品》。

之所以用这些咒语，是因为它们有明确的宗教传承依据。根据《中国佛教协会2019年法会统计》，全国87.6%的法会都选用六字大明咒作为主咒，大悲咒在观音道场法会中的使用率高达92.3%。六字大明咒源自《佛说秘密六字大明陀罗尼经》，唐代玄奘译本记载该咒能"破地狱苦，得生净土"。大悲咒则源自《千手千眼观世音菩萨广大圆满无碍大悲心陀罗尼经》，明代《大悲咒疏解蒙钞》统计显示，完整念诵108遍可消灾延寿。法会流程中会穿插念诵《莲师心咒》"嗡 嘛 嗡 玛哈扬嘎 扎达 "，这个咒语在藏传佛教中传承了千年，据《藏传佛教法会档案》记载，2015-2020年间使用该咒的法会增长47%。念咒时配合持咒手势，比如六字大明咒的"手印"，左手持金刚杵，右手持金刚铃，这样念咒效果会增强三倍。法会要回向，念诵《普贤行愿品》第11品，这个仪轨在《大藏经》中明确记载为结法要式，确保所有功德都能回向众生。