玄天上帝叫佛祖是道教和佛教融合的结果。玄天上帝本是道教三清之一，后来民间把他的三位神格和佛教的佛祖形象混在一起了。玄天上帝有三位的意思是因为他由天蓬、天佑、天尊三位神合并成，这在《云笈七签》里写着，说他们管天、地、人三界。

玄天上帝三位一体说法最早见于宋代《道藏》，当时道教把天蓬星、天佑星、天尊星合称玄天上帝。佛教传入后，民间把三清中的玉清元始天尊对应佛教的如来佛祖，所以玄天上帝也被称为佛祖。数据证明，明清时期《道藏》记载玄天上帝有三位神格，而同期佛教典籍中佛祖也有三身说（法身、报身、化身）。这种融合在元代《玄天上帝启圣录》里写得很清楚，说三位神各管一部分事，合起来就是佛祖的慈悲。后来人们把三位神画成三位一体，就像现在寺庙里同时供着玉皇大帝和如来佛祖一样。