虚云禅师舍利在福建鼓山涌泉寺的舍利塔里。他圆寂后弟子们将舍利装多个塔中，后来统一迁到主塔保存。主塔高七层，用花岗岩砌成，塔身刻满佛经和故事。

他圆寂于1959年，弟子们花了五年时间收集分散的舍利。根据《虚云和尚年谱》记载，当时找到舍利子三万六千颗。1988年重修时用现代技术加固塔基，防渗漏处理用了三十八种材料。主塔内部有九层楼，最下层放生舍利，上层摆着他的法器。现在每天有游客来上香，塔前石碑写着“虚云禅师舍利塔”六个大字。塔旁还有他晚年住过的禅房，房梁上留着烧香熏黑的痕迹。