黄檗的入药部位主要是树皮和根。树皮是黄檗的主要药用部分，因为里面含有较多的有效成分；根虽然也能入药，但用量比树皮少很多。这种选择跟黄檗的生长特性有关，树皮在长期生长中积累了更多药用物质。

黄檗的树皮和根之所以被选作入药部位，主要是因为它们含有小檗碱等生物碱类成分。根据《中国药典》2020年版记载，黄檗树皮中总生物碱含量可达4%-7%，其中小檗碱占比超过60%。而根部生物碱含量虽只有树皮的1/3-1/2，但含有独特的黄柏素等成分。明代《本草纲目》就明确提到"黄檗皮、木、根并用"，清代《药品化义》更指出"黄檗入药取其皮，功专清热燥湿"。现代药理学研究证实，这些成分能抑制病原菌生长，调节肠道功能，这也是历代医家选择树皮为主、根部为辅的原因。特别需要注意的是，不同产地的黄檗树皮厚度差异可达0.3-1.2厘米，这直接影响有效成分的提取量。