雍正对佛教和道教的态度既限制又利用。他禁止西藏活佛转世、打压部分佛教流派，但允许道教发展以巩固统治。

雍正觉得佛教和道教都容易引发社会问题。比如他看佛教里西藏的权力太大，怕威胁皇权，就出《钦定藏内善后章程》把活佛转世得官得钱的规定全废了。道教方面他发现这类组织用道教名号造反，就查封了三百多个会道门场所。但道教里能帮他修水利、办教育的，比如全真教，他反而给发执照。数据说雍正时期查禁了四百多个邪教组织，其中道教相关占六成。他让道士编《大义觉迷录》宣传忠君思想，既控制宗教又稳住了人心。

雍正觉得佛教和道教都是双刃剑。他看佛教里有些寺庙太富，就规定所有寺庙田产收归官有，光这一项就刮了八百万两白银。道教方面他发现全真教能团结北方民众，就让道士去给八旗军讲养生课。他让官员监视僧道，但自己偷偷给热河行宫请了三十多个道士炼丹。比如他最宠的道士王清虚，雍正五年就赐了金印，比亲王还高一级。这种既打压又拉拢的策略，让清朝初期的宗教矛盾比康熙时期少了两成。