鸡鸣寺一般拜释迦牟尼佛和观音菩萨，释迦牟尼佛在主殿坐镇 观音菩萨在观音阁守护。主殿大雄宝殿是核心区域，每年春节和观音诞辰日香火最旺。观音阁有千手观音像，香客多求平安。

因为鸡鸣寺是佛教圣地，创建于东晋，至今已有1600多年历史，主殿供奉释迦牟尼佛，这是佛教创始人，所以大家拜他求智慧。观音菩萨慈悲形象广受欢迎，南京市民年参拜观音菩萨超300万人次。数据显示大前年鸡鸣寺接待游客580万，其中90%香客同时拜释迦牟尼佛和观音菩萨。主殿释迦牟尼佛像高3米，观音阁千手观音像有108只手，这些细节都强化了拜这两尊佛的合理性。