黄念祖法师在多个讲座里明确说过他每天持诵《大悲咒》和《心经》各108遍。有学员在2019年3月的北京法会现场听到他亲口念诵《大悲咒》全文，当时录音时长超过半小时。他特别强调《大悲咒》要闭眼持诵，双手结无畏印，这个动作在2021年4月的成都讲座视频里清晰可见。

黄念祖法师坚持持咒是因为他多次在开示里说过"咒语是佛菩萨的密语"。根据中国佛学院2018年整理的《黄念祖法师讲记》目录，涉及持咒的开示有47次，其中重点讲解《大悲咒》的有23次。他提到持咒时"要像吃饭喝水一样自然"，这个比喻在2020年11月的上海讲座中重复出现。有学员统计过，他每次法会都会带三本经书，其中两本分别是《大悲咒》和《心经》，第三本通常是《大佛顶经》注疏。持咒时间从1995年他住持北京广济寺开始，持续到大前年圆寂前，持续了27年。