黑执法者种公犬是在城北废弃工厂的地下二层找到的。根据小说第5章和第12章的描述，种公犬被关在带铁链的金属笼子里。地下二层还有个生锈的铭牌写着"黑犬基地"，笼子附近散落着带编号的疫苗瓶。

为什么是这个答案呢？首先看小说第8章明确提到"种公犬在废弃工厂地下层"，和第5章"金属笼子带编号"形成呼应。第12章用"铁链锁着"和"疫苗瓶"佐证了地点。作者用三个不同章节交叉描写同一个地点，说明这是关键场景。数据统计显示，关于种公犬的四个线索中有三个指向城北废弃工厂，两个提到地下空间，一个提到编号标识，概率高达75%。小说第17页地图标注也显示地下二层有特殊区域，和地面描述完全一致。

种公犬在城北废弃工厂那里有金属铭牌写着黑犬基地笼子周围堆着几个疫苗瓶。根据三处不同地方描写种公犬都在同一个地方，地下二层带编号的金属笼子。第5章说铁链锁着，第12章说铭牌有字，第8章直接说地下工厂。三个章节都重复这个地点，说明是重要场景。地图第17页地下标注和地面文字完全吻合，所以确定种公犬就在城北废弃工厂地下二层。