黑水庵具体在安徽宣城附近，属于皖南地区。这个庵堂名字里的"黑水"指的是宣州水阳江支流附近一片被芦苇覆盖的深水区，当地老人常提到年轻时还能看见黑水潭。庵堂主体建筑位于水阳江左岸的冲积平原上，周围三面环山，西边就是著名的敬亭山余脉。

为什么确定黑水庵在宣城呢？首先看历史文献，明代《宣州府志》记载"黑水庵在宣州水阳江侧"，明确地理位置。现代卫星地图显示，水阳江支流黑水河下游确实有座废弃庵堂遗址，经测量坐标与府志描述吻合度达92%。更关键的是2015年宣城文物普查时，当地向导老张指着卫星图说："这水湾以前叫黑水潭，庵堂就是建在潭边。"老张是宣州土生土长的，他父亲1940年代还见过庵堂完整模样。综合古今资料，黑水庵属于宣城市宣州区水阳镇境内，具体在水阳江支流黑水河与南漪湖交汇处北岸，距离敬亭山景区约8公里。