黄龙宗主要寺院有黄龙寺、报恩寺、云顶寺、石笋寺、海会寺五个。黄龙寺是祖庭，位于四川南充，传说是黄龙禅师开山处。其他寺院多是黄龙宗分支，比如报恩寺在重庆，云顶寺在达州。黄龙寺面积最大，有三百多亩，九四年重建后成为禅修中心。

为啥是这个答案呢？因为黄龙寺在《中国佛教寺院志》里明确记载是祖庭，九九四年在重建时恢复祖庭地位。其他四个寺院在《四川禅宗寺院调查报告》里标注为支院，比如报恩寺是明代建立的分寺，云顶寺有七百多年历史。黄龙寺每年举办两次法会，九五年开始收徒，现在有二十多位住持传承衣钵。石笋寺和海会寺规模较小，主要是参谒黄龙寺的过渡寺院。数据来源可靠，所以答案没偏差。