荧光标记蛋白质就是给蛋白加上发光标记，常用的两种方法化学法和抗体法。化学法用荧光染料直接染蛋白，操作简单但可能伤蛋白结构。抗体法用抗体找蛋白再连荧光蛋白，特异性高但步骤多耗时间。比如用Cy5染料和蛋白直接混匀，过夜反应后就能在显微镜下看到绿光。抗体法要先用抗体制品找目标蛋白，再连上GFP荧光蛋白，整个过程至少要三天。

为什么选这两种方法呢？化学法成本低效率高，适合大量蛋白快速检测。比如前年《生物化学》期刊那篇论文，用Dabcyl染料标记激酶，标记成功率92%以上，但可能让蛋白变性。抗体法更精准，像《细胞研究》大前年那篇，用抗β-actin抗体标记细胞蛋白，特异性达98.7%，但抗体价格贵且保存期短。比如用Alexa Fluor 488标记时，抗体成本比化学染料高五倍。两种方法各有优缺点，得看实验需求。比如做实时成像选抗体法，做高通量检测选化学法。