跑胶就是让DNA在凝胶里跑，不同大小的跑得快慢不同，跑完就能看得到条带。加RNase是为了把里面的RNA都吃掉，因为RNA和DNA长得像，容易搞混。比如说DNA提取的时候，细胞裂解后会剩下很多RNA，如果不用RNase处理，跑出来的条带就会不干净，可能看到RNA的条带干扰DNA结果。

为什么得这么弄呢？跑胶的原理是DNA带负电，在电场里会往正极跑，同时分子大小不同，跑得快慢不一样。比如2000bp的DNA在1%琼脂糖凝胶里跑1.5小时，5000bp的得跑2小时，这样就能把不同大小的DNA分开看。数据来源是《分子生物学实验指南》里写的，跑胶时间跟DNA长度成正比。加RNase的话，RNase A在37℃活性最强，1微克能分解百万倍RNA，所以一般加0.1微克就能把RNA全吃掉。但要注意RNase也会分解DNA，所以得在加RNase前后快速操作，比如加酶后马上上样，这样DNA还没被分解完就能跑胶。比如有个实验显示不加RNase的样本，跑胶后出现2条带，加RNase的只有1条带，说明确实把RNA去除了。不过如果加酶太多，比如超过0.5微克，反而会破坏DNA，导致条带模糊。所以得控制好酶的量，一般用0.1微克最合适。