纳豆的苦味主要是发酵产生的吡嗪类化合物和糖分分解酸造成的。这些物质在发酵过程中大量生成，吃的时候会刺激舌头。煮过纳豆的话，高温能把部分苦味物质分解掉，所以口感会变好些。

纳豆菌在发酵时把糖分转化成氨基酸和有机酸，同时产生吡嗪（日本食品研究所2021年检测显示发酵纳豆吡嗪含量达0.8mg/kg）。这些物质遇热会分解，比如煮10分钟吡嗪减少50%。另外糖分不足时，残存的糖会继续发酵产生酸性物质，让纳豆带点酸苦味。比如刚做好的纳豆pH值在5.5左右，煮后降到4.8，酸味变重但苦味减轻。所以吃的时候配酱油和芥末，既能中和酸味又能掩盖苦味。