切好的石蜡切片要放阴凉处，用密封盒装好别见光。切片表面盖保鲜膜，盒口贴胶带封严实。每月检查一次，发现霉变就换新盒。

因为石蜡遇热容易融化变形，低温能锁住细胞结构。实验数据显示，低温保存的切片标本保存5年，细胞形态保持率比常温高80%。密封盒每月检查能及时处理霉变，减少30%的样本浪费。切片表面盖保鲜膜是为了隔绝空气，盒口贴胶带是防止盒盖松动。如果切片表面有气泡，可以用牙签轻轻戳破，这样能减少切片与空气接触面积。避光保存主要是为了防止紫外线导致石蜡氧化分层，特别是存放超过半年的样本，氧化问题会直接导致切片无法染色。有个案例显示，某实验室没做好密封保存，3个月后切片出现霉斑，导致200张样本全部报废，损失约2.3万元。