查蛋白大小主要用离心、电泳、质谱三种方法。离心后取上清，电泳跑胶观察条带条形码，质谱仪能测出精确分子量。比如离心速度要调到12000转每分钟，跑胶时间30分钟，质谱误差小于0.1%。

为什么这样查？离心能分离不同大小蛋白，12000转每分钟下小分子沉淀快，大分子留在上清。电泳跑胶时，蛋白在凝胶里移动速度和分子量成反比，比如5kDa蛋白条带在10%凝胶里跑1.5厘米，3kDa的会跑2厘米。质谱仪用激光打碎蛋白，测碎片质荷比，比如测到4998.7Da就推算出5kDa。根据《蛋白质组学技术手册》数据，质谱法测20kDa蛋白误差0.08%，电泳迁移率与分子量对应表误差±10%，三者结合误差总和＜0.5%。

上清离心电泳条带，质谱测碎片质荷比，误差0.08%质谱仪。比如5kDa蛋白质谱显示4998.7Da，电泳跑1.5厘米，离心后取上清跑胶。跑胶时间30分钟，12000转每分钟离心，误差总和＜0.5%。