双向电泳图主要是把蛋白质点成不同颜色条带，颜色深浅代表蛋白含量多少。分析时先看点状条带有没有聚集连成条带，再看颜色深浅哪个最明显，对照标准品确定条带位置。比如条带中间有白色缺口，说明这个蛋白可能被剪切过。

为什么这样分析呢？因为双向电泳是通过等电点和分子量把蛋白质分开的。等电点不同的蛋白在pH梯度上停留时间不同，分子量小的蛋白跑得快，大的跑得慢。颜色深浅和条带形状能反映蛋白含量和分布。比如实验测得某样本条带数量比对照多30%，颜色差异最明显的是第5条带，说明这个样本有5种新蛋白。白色缺口处蛋白含量下降50%，结合质谱数据发现是α-actin蛋白被切割成两条小片段。这种分析方法能同时看蛋白种类和数量变化，比单一电泳更全面。