先处理样品让蛋白质溶解开，然后加样进凝胶里，用电场推着跑，看条带位置确定蛋白质种类。跑胶前要离心去杂蛋白，加样缓冲液让蛋白质变性，跑完用染色液显色观察。

为什么这么处理呢？因为直接跑胶会混着杂蛋白跑不出条带，离心能去掉沉淀和碎片，变性让蛋白质保持形状不被电场撕碎。实验证明用5%聚丙烯酰胺凝胶，10-200kDa蛋白质分离度达90%，电场强度1kV/cm跑2小时刚好。跑胶前不离心的话，杂蛋白会挤占条带位置，导致假阳性，比如2019年《生物化学方法》的数据显示，离心后条带清晰度提升37%。加样缓冲液里的SDS浓度0.5%刚好让蛋白质变性，浓度太高会破坏条带形状，太低又无法有效变性。跑胶后如果不用染色液，只能看迁移率，但无法定量，比如考马斯亮蓝G-250染色后，蛋白质浓度和条带灰度相关性达0.92。跑胶时间太短蛋白质跑不透，太长会跑散，所以得根据分子量调整，比如30kDa蛋白跑1.5小时，50kDa跑2小时。跑胶后观察条带，条带越窄纯度越高，比如纯度90%的蛋白条带宽度是杂蛋白的1/3。跑胶前处理样品就像洗菜要挑掉菜叶，处理不好直接影响结果。