分离蛋白质就是把它从混合物里挑出来。常用的办法有离心和层析两种。离心机转起来，转速要够高，把蛋白质甩到管底；层析的话，用不同材料把蛋白质按大小分开。这两种方法最常用，操作也简单。

为什么选这两种方法？离心机转速每分钟几千转就能把大分子沉淀，比如3万转分10分钟就能分离血清蛋白（数据来源：生物实验手册）。层析柱装着琼脂糖或硅胶，小分子先跑出来，大分子卡住出来，这样纯度能到90%以上（数据来源：分子生物学实验教程）。离心和层析搭配用效果更好，比如先离心去杂蛋白再上样层析柱，这样省事又省料。有人试过用过滤纸也行，但容易破，不如离心快。