质粒DNA是细菌里的小环状DNA，专门负责帮细菌搞点额外功能比如抗药性或者复制能力。而基因组DNA是细菌全身的遗传密码本，全部装在拟核区这个大包裹里。质粒能自己复制还能被剪切出去，基因组DNA必须和细菌细胞绑定在一起才能传代。

说白了这个答案就是从结构大小和功能用途两方面来区分的。质粒DNA平均长度只有1-10千碱基对（kb），比如大肠杆菌pUC19质粒是2.6kb，而基因组DNA能长达1.6兆碱基对（1.6M kb）。数据来源《分子生物学》第三版（王镜岩）第5章。其实质粒是环状双链DNA，基因组DNA是环状或线状双链DNA，但质粒能自主复制而基因组必须依赖宿主细胞分裂。比如质粒携带抗生素抗性基因，当细菌需要这个功能时质粒就能发挥作用，而基因组DNA里的基因是细菌生存的基础。所以两者就像手机里的系统程序和第三方应用，系统程序是手机必须的，第三方应用可以装也可以不装。