跑胶前要准备好琼脂糖凝胶浓度，浓度最好在0.8%到1%之间；上样量别太多，每个孔加5-10μL就行；电泳时间别太短，跑完胶条带要跑到胶底部；用EB染色或者考马斯亮蓝染色，条带颜色要深浅均匀。

为什么这么操作呢？首先浓度太低胶会太软，跑胶时条带容易变形，实验数据表明0.6%凝胶条带拖尾概率比0.8%高30%；上样量超过10μL会使条带变宽，文献显示5μg/cm²的上样量能保证清晰度；电泳时间不足会导致Rf值不达标，比如跑60分钟SDS-PAGE的Rf值偏差会扩大到±0.15；正确染色能让条带对比度提高50%，比如用TBST洗3次每次5分钟，能减少背景噪音。跑胶时条带位置在目的条带附近就说明跑好了，比如目的蛋白在85kDa附近出现条带，说明电泳条件合适。