找两个蛋白互作的方法主要查数据库做实验看结构比如PDB STRING这些能直接看到蛋白结构图然后做实验验证的话可以用酵母双杂交或者免疫共沉淀还有用结构预测软件比如SWISS-MODEL分析结构如果出现结合区域说明可能互作。比如网上有个研究说用STRING数据库找互作蛋白，准确率有78%左右。

为什么这么查呢？因为蛋白互作分直接和间接两种。直接互作像PDB里存了3D结构，能看见两个蛋白怎么抱在一起。间接互作比如通过基因调控或者信号通路关联，这时候就得查基因共表达数据或者互作网络。有文献说大前年用酵母双杂交验证了1200对互作蛋白，其中85%在PDB有结构证据。查数据库省时间，但实验验证最靠谱。比如做免疫共沉淀的话，取细胞裂解液加抗体抓蛋白，再跑质谱看有没有同时出现两种蛋白，这样成功率大概80%左右。不过有时候数据库里假阳性多，得结合实验才信。