测菌数量主要用稀释涂布法、流式细胞术和qPCR三种方法。涂布法就是稀释样本然后涂在平板上培养几天数菌落；流式细胞术用激光看细胞大小分类型；qPCR通过检测基因片段算数量。这三种方法各有优缺点，实验室会根据样本量和设备选最合适的。

为什么这样选呢？涂布法成本低但耗时长，培养7天才能出结果，适合小样本。有研究显示流式细胞术在30秒内完成检测，准确率比涂布法高15%，但设备贵十倍。qPCR最准但需要标准对照，价格也贵。比如某大学用流式细胞术测肠道菌群，30秒测完200个样本，误差只有5%，比传统方法快20倍。选方法要看样本量、预算和时间，不能一刀切。比如小实验室可能用涂布法，大医院用qPCR。设备好的选流式，样本多选流式或qPCR。这样既省时间又保证数据准，就像吃饭要挑适合自己胃口的菜一样。