员工扣款做账要分三步走。首先得确定扣款原因，比如迟到早退扣款、社保个人部分、社保公司代缴、个税预扣等。然后会计做凭证，比如借记管理费用、社保费用、个税等科目，贷记应付职工薪酬。把扣款金额从工资表中减掉，算出实发工资。比如小张迟到三次，每次扣50元，会计就先记500元管理费用，再扣掉工资表里他的基本工资。

为什么得这样记呢？因为根据《企业会计准则第9号——职工薪酬》，工资总额要分三块算，社保个人和个税属于代扣代缴，得单独列出来。比如前年社保个人缴纳比例是2%，个税起征点5000元，假设小张月工资8000元，扣掉社保160元，个税300元，实发7360元。凭证分录正好对应工资表里的各项扣除，这样财务报表才能准确反映企业成本和员工收入。就像煮饭得先放米再加水，账目逻辑也得按顺序来，否则容易算错钱。