员工报销车费要按实际发生额记账，比如公司给员工垫付油费、过路费这些，得在账本里记为管理费用或者差旅费。如果员工自己垫付了，要凭发票走报销流程，公司按发票金额入账。个税抵扣要看金额和时间，比如单次超过800元或全年超过24000元才能抵扣。

这是因为国家规定差旅费抵扣有标准，根据财税[2016]36号文件，每次超过800元或全年超24000元的部分可以抵扣。但报销必须要有发票或电子凭证，比如油费发票、高速通行费票据，这些得交给公司备案。比如员工3月份开了一万公里车，油费发票总共有5000块，公司就按5000块入账，员工可以抵扣5000块个税。如果没发票或发票金额不对，比如只报了3000块但实际用了5000块，税务局会按实际发生额追缴税款。如果员工用私家车办公，得按每公里0.6元的标准补贴，超过这个数才能抵扣，不足的不算。比如每月补贴3000元，实际油费发票是2500元，只能抵扣2500元，多出的500元要并入工资缴税。所以报销时既要留好凭证，又要算清补贴标准，才能合法抵扣。