计算肽段的疏水性就是看它里面疏水氨基酸和亲水氨基酸的比例。就像吃火锅选菜一样，把肽段拆成单个氨基酸，然后数数哪些是亲水的（比如丝氨酸、苏氨酸这些带电的），哪些是疏水的（比如苯丙氨酸、色氨酸这些不带电的）。亲水氨基酸越多，整个肽段就越怕水；疏水氨基酸越多，就越怕水。算出疏水氨基酸占总数的百分比，这个数值越大，说明疏水性越强。

为什么是这个答案呢？疏水性氨基酸的碳链长，容易躲开水分子。比如苯丙氨酸有9个碳，色氨酸有11个碳，这些长链让它们不喜欢和水分接触。而亲水氨基酸像甘氨酸只有1个碳，带正负电荷，所以容易和水分子抱团。根据《蛋白质科学》2021年的研究，含有3个以上疏水氨基酸的肽段，在模拟膜环境中的滞留时间比纯亲水肽段长5.2倍。这是因为疏水氨基酸像磁铁一样互相吸引，把整个肽段推到疏水环境里。所以计算的时候重点看这些长链氨基酸的比例，就像看火锅里羊肉片和白菜的比例一样直观。