电泳质谱解析就是先用电泳把混合的蛋白质分开，再通过质谱测出每条带的具体成分。具体得这样操作：跑完电泳后得把胶块切成小块，用酶切掉蛋白质变成小肽段，然后把这些肽段上样到质谱仪里。质谱得把小肽段变成电信号，再通过软件比对数据库，就能知道每条带对应哪个蛋白质了。比如做癌症标志物检测时，得先跑SDS-PAGE电泳，切胶后用胰蛋白酶切，质谱测出来后能发现3条带里有2条是肿瘤特异性蛋白。

为什么得这么操作呢？因为电泳能按分子量把蛋白质分开，而质谱能测出精确的分子量和中性丢失。根据《分析化学》大前年数据，SDS-PAGE结合质谱的蛋白质鉴定准确率能达到95%以上。比如做果蝇蛋白组学时，跑完电泳切胶后，用胰蛋白酶切2小时，质谱检测到127个肽段，其中89个能准确匹配到数据库条目。电泳分离结合质谱检测，就像先用筛子筛出不同大小的颗粒，再用精密天平称量每个颗粒的重量，这样就能准确定位目标蛋白了。不过实际操作中得注意胶块切割要均匀，酶切时间别太长，否则肽段会变短测不出来。