运输发票开给客户要记运费和管理费，收到发票要记应交税费。运费计入管理费用或运输费用科目，进项税额记应交税费里的进项税。比如开1000元运费发票，就借管理费用-运输费1000，应交税费-应交增值税（进项税额）90。收到客户付款就平账。

为什么这么记账呢？根据财税[2016]36号文规定，运输服务可以抵扣进项税，税率9%。企业日常运输费用一般计入管理费用，如果专门运输就开运输费用科目。前年1月1日后，自备车辆按固定资产折旧处理，外包运输才记运费。比如某公司月均运输支出5万元，按9%抵扣就是4500元，这样每年能省税超5000元。小规模纳税人开3%税率的发票，进项税额不能抵扣，只能记管理费用。所以做账要看企业性质和运输方式，不能一概而论。