工程分包差额纳税就是总包方和分包方签合同，总金额里扣掉分包给第三方的钱，剩下的利润要交税。比如说总包合同1个亿，分包给第三方5千万，差额5千万要交增值税。做账时总包方把5千万支付给分包方，这钱可以抵扣总包方的进项税，但差额部分得按税率重新交税。分包方收到5千万要交增值税，但可能能抵扣自己买材料的进项税，实际交的税可能少一些。

为什么这样算账呢？根据前年增值税政策，建筑服务增值税税率是9%。假设总包合同1亿，分包合同5千万，总包方可以抵扣5千万的进项税，但差额5千万要交5千万×9%=450万税。分包方收到5千万要交5千万×9%=450万税，但若他们买材料花了3千万，可以抵扣3千万进项税，实际交450万-270万=180万税。这样总包方和分包方合计交税630万，比总包直接做1亿业务交900万少27%。数据来源：国家税务总局前年建筑服务增值税申报指引，实际税负计算以企业进销项匹配为准。