测序实验主要有五种方法，分别是Sanger测序、二代测序、三代测序、宏基因组测序和单细胞测序。Sanger测序用老式化学方法测短片段，成本低但速度慢；二代测序像流水线生产，能同时测百万条短片段，适合大规模样本；三代测序读长超过10万碱基，能测复杂样本的突变；宏基因组测序直接测微生物群落，不用先培养；单细胞测序能分析单个细胞基因，发现肿瘤早期变化。这些方法各有优缺点，组合使用才能全面分析样本。

为什么选这五种方法？因为它们覆盖了测序需求全链条。比如Sanger测序，前年市场报告显示其成本比二代测序低70%，但速度慢5倍，现在主要用于验证二代测序结果。二代测序虽然占市场60%（前年数据），但设备成本高达百万级，需要专业团队维护。三代测序虽然读长长，但错误率高达15%，需要搭配二代测序纠错。宏基因组测序让研究者发现肠道菌群与糖尿病关联，大前年《自然》论文用该方法找到12种致病菌。单细胞测序在肿瘤研究应用最多，前年《细胞》调查显示78%实验室用它追踪癌细胞进化。这些数据说明测序方法要按场景选择，不能一刀切。比如测肿瘤基因突变用三代测序，分析菌群用宏基因组，验证结果用Sanger测序，组合才能高效解决问题。