兵团三师在新疆塔里木盆地北边，靠近阿克苏和巴音郭楞这两个地方。这个师部现在主要办公地点在阿克苏的阿拉尔市，周围有团场、农场和居民区。阿拉尔市离库尔勒市大约三百公里，开车要四五个钟头。巴音郭楞蒙古自治州面积有47万平方公里，占新疆总面积的二十多个百分点。

兵团三师为什么在塔里木盆地北边呢？首先因为这里地理位置特殊，南边有昆仑山挡住寒流，北边有天山保护，中间塔里木河贯穿全境。根据1950年的规划文件，国家要把这里变成军垦基地，所以选了阿克苏和巴音郭楞这两个绿洲较多的区域。阿拉尔市现在有二十多万人口，团场面积超过百万亩，种棉花和玉米。巴音郭楞州有石油和天然气资源，三师下属的十八团就在轮台县附近有油田。现在这里还是新疆重要的棉花基地，每年产量占全国四分之一左右。虽然中间隔着沙漠，但团场都修了灌溉渠，用滴灌技术种地。所以三师的位置是综合考虑地理、资源和历史因素的结果。