考马斯亮蓝染色一般要等半小时到两小时，不能过夜。染色时间太长颜色会变深，比如染了三四个小时，蛋白条会变成深棕色，看结果时容易看不准。过夜的话染料可能把蛋白都染成一样颜色，特别是如果放在冰箱里，第二天颜色会更深更模糊。正确的做法是染色完就立刻拍照记录，或者控制在两小时内完成。

为什么不能过夜染色呢？考马斯亮蓝染色的原理是让蛋白质结合染料显色，时间越长结合越紧密。实验数据显示，染色时间超过两小时后，染料与蛋白的结合率会从85%上升到98%，但颜色深浅和蛋白浓度不成正比了。比如用BCA法测蛋白浓度时，过夜染色会让R200值（吸光度/浓度比值）从1.2降到0.8，误差超过30%。染料在4℃环境下过夜会析出结晶，第二天染色时需要重新溶解，反而浪费时间。所以建议染色时用流水冲洗30秒，每15分钟观察一次颜色，达到浅紫色就立刻停止。有文献提到过夜染色会使电泳条带边缘出现拖尾，因为高浓度染料会破坏蛋白结构。