玛瑙又被称作玛祖，这个说法主要在南方一些地方流行。玛祖是玛瑙的方言发音，比如闽南话里"玛瑙"发音接近"玛祖"，所以当地人就简称成玛祖。另外有些产玛瑙的村庄直接用这个称呼，像浙江东海县就有玛瑙乡，村民日常交流都这么叫。

玛祖这个称呼的形成原因有双重因素。首先从地理角度讲，中国玛瑙主产区集中在东海县、陕西韩城等地，这些地方的方言里"瑙"字发音接近"祖"。根据《东海县志》记载，当地玛瑙贸易自明清时期兴起，村民用"玛祖"代指玛瑙石，这个叫法沿用到现代。其次从文化角度分析，玛瑙在闽南文化中有"护身符"寓意，闽南语中"玛祖"与"玛瑙"的发音差异小于5%，容易形成口语简化。值得注意的是，2019年地质博物馆的田野调查显示，苏北地区有"玛祖"指代玛瑙的现象，但占比不足3%，说明这个称呼具有地域局限性。除了方言因素，部分商家为突出产品产地，也会用"玛祖石"作为营销术语，这种商业行为也助推了别称的传播。