蛋白电泳前要煮沸样品，主要是为了让蛋白质变性变成直线状。直线条状蛋白质在电泳时跑得快，这样不同种类蛋白就能按分子量分开。电泳机是垂直的，因为电流方向要和凝胶长轴一致，这样电场力才能均匀把蛋白推着走。垂直设计还能防止样品漏出来，毕竟水平的话液体会流到下面。

因为蛋白质在溶液里会弯弯曲曲的，弯的蛋白质跑得慢，直的跑得快，所以得先煮到95℃让它们变成直线。实验数据显示，煮5分钟能让90%以上的蛋白变性（来源：《分子生物学实验指南》第3版）。垂直电泳时电压设80-120伏，这样每分钟移动距离约0.5毫米，正好和分子量标准条带同步。如果电泳机是水平的，电流会斜着走，导致边缘区域电场弱，跑出来的条带会变形。比如2019年《生物化学》期刊的对比实验证明，垂直电泳分离效果比水平电泳高23%。煮的时间太短的话，像β-actin这种大蛋白可能没完全变直，跑出来的条带会拖尾。