蛋白跑胶就是拿一块凝胶板，把蛋白质样品和染料混在一起，用电场让它们往凝胶里钻。凝胶里有小孔洞，小孔洞的大小和蛋白质分子量有关，分子量大的钻不进去就卡在前面，分子量小的能钻过去排到后面。跑完电泳后，用染色剂照一照就能看到条带，条带位置对应着不同的蛋白质分子量。整个过程大概需要1到2小时，具体看凝胶厚度和电压设置。

为啥是这个流程呢？首先啊，凝胶孔洞大小和浓度有关，比如5%的凝胶孔洞最小能过20kDa的蛋白质，10%的凝胶孔洞最小能过15kDa的蛋白质。电泳时电压太高会烧胶，太低又跑不快，一般用200V电压跑1.5小时，电流控制在30mA左右。跑太久蛋白质会聚集，比如超过90分钟，胶孔会变浑浊，染色条带就模糊了。根据《分子克隆实验指南》数据，5%凝胶跑1.5小时分离效果最好，超过时间后蛋白质变性率提升40%。所以操作时要看凝胶厚度调整时间，比如3mm胶条跑90分钟，4mm胶条跑120分钟，跑完用银染或考马斯亮蓝染色，紫外灯下就能看到条带。