蛋白电泳的上层胶一般跑1到2小时，下层胶跑2到3小时。胶做好后最好当天用完，最多放3到5天，保存时要盖保鲜膜放冰箱。跑胶时间根据分子量大小调整，比如跑5千道尔顿的蛋白用1小时，20千道尔顿的用2小时。

为什么上层胶跑得快呢？因为上层胶浓度低，电场强度弱，小分子蛋白迁移得快。下层胶浓度高，电场强，大分子蛋白跑得慢。保存时间跟胶浓度有关，2.5%浓度的胶放3天还能用，3%的能放5天。但温度高的话容易变浑浊，比如放室温超过4小时就废了。有研究说胶做好后每过24小时，蛋白条带会变模糊10%，所以最好现做现跑。跑胶时间计算公式是分子量除以浓度再乘以0.5，比如20千除以3%乘以0.5等于3.3小时，取整用3.5小时。保存时用保鲜膜盖紧，别让胶表面干燥，否则会裂开。