质粒酶切后为什么要胶回收呢？因为酶切会把质粒切成小片段，这些小片段容易在凝胶里跑掉或者被酶残留污染。胶回收就是用凝胶电泳把目的质粒和其他碎片分开，再用胶酶切掉胶块，用洗脱液把质粒洗出来。如果不回收，后续做转化或者测序就找不到目标质粒了。

为什么必须胶回收？因为酶切后的质粒只有几千碱基，在凝胶里迁移速度慢，容易卡在胶里或者和琼脂糖结合。比如实验数据显示，不回收的质粒回收率不到30%，而胶回收后可以达到80%以上。酶切液里的酶残留会抑制大肠杆菌的转化效率，比如转化效率可能从10^8 CFU/μg降到10^6 CFU/μg。比如有个研究说，没胶回收的质粒转化成功率只有5%，而胶回收后能到60%。所以胶回收就像给质粒做个“洗牌”，把好的质粒挑出来，把废的质粒和酶洗掉。一步用胶酶切掉胶块，再用洗脱液洗出来，这样质粒就干净了。