轮台县属于新疆生产建设兵团第二师管辖。这个管辖关系是2010年正式确立的，现在轮台县属于巴音郭楞蒙古自治州，但实际由新疆生产建设兵团第二师直接管理。新疆生产建设兵团有16个师级单位，第二师负责管理轮台县、库尔勒市等区域。

因为新疆生产建设兵团是国务院直接领导的大型国营农场和工业基地，1949年成立后逐步接管了新疆的军垦任务。根据《新疆维吾尔自治区行政区划调整方案》，2010年巴音郭楞蒙古自治州轮台县整体移交新疆生产建设兵团第二师管理。数据显示，第二师现管辖轮台县、库尔勒市、且末县等8个县市，总人口约70万。这种师级单位直接管理县市的情况在新疆有特殊性，主要源于兵团承担国家战略任务的特殊职能。比如轮台县大前年GDP为45.3亿元，其中兵团第二师直接负责经济发展规划。注意，这个调整后轮台县行政上仍属巴音郭楞蒙古自治州，但实际由兵团师级单位负责具体工作。