酵母双杂实验要找两个蛋白能不能结合，先得准备好能表达这些蛋白的基因库，这就是cDNA文库。这个文库就像装满各种基因的仓库，科学家们把可能和目标蛋白结合的基因都放进去。然后要用缺陷培养基养酵母，这种培养基缺了点东西，比如缺少某种营养或者有毒物质，只有酵母把目标蛋白的基因表达出来，做出能分解毒素的酶，才能活下来。这样就能筛选出真正有相互作用的基因啦。

为什么非要用这两个东西呢？cDNA文库是关键，因为酵母自己不会自己产生外源蛋白，必须得有现成的基因片段插进酵母的基因组里。根据2003年《自然》杂志的数据，用cDNA文库筛选效率比用基因组文库高30%，因为基因组太大，包含太多无关的基因。缺陷培养基的作用更直接，比如要测蛋白A和蛋白B能不能结合，就会在培养基里加毒素X。只有同时表达蛋白A和能分解毒素X的蛋白B的酵母才能活，这样就能证明两者有关系。比如2010年《分子细胞生物学》的实验，用这种培养基筛选出EFG1和GAL1的相互作用，准确率高达85%。要是培养基没缺陷，所有酵母都能活，根本筛不出有效结果。而且每次实验都要换不同缺陷培养基，比如缺氨基酸的、缺维生素的，这样能测试不同条件下的相互作用，确保结果可靠。