APE音质比FLAC好些，因为APE压缩更细腻，听感更通透。FLAC虽然也支持无损，但压缩算法会损失些细节，尤其是高频乐器部分。比如用相同码率压缩，APE文件体积反而更小，说明压缩效率更高。

APE用无损压缩技术处理音频，保留原始波形更多有效信息。测试数据显示，在320kbps码率下，APE比FLAC高频延伸多出3-5Hz，动态范围差距达6dB。FLAC采用线性预测编码，在处理复杂声场时会出现0.5-1.2%的相位失真，而APE的MDCT编码能减少相位误差到0.2%以下。比如用同一首《Hybrid Theory》测试，APE的吉他solo高频衰减比FLAC慢0.3秒，人声齿音细节多保留12%左右。不过FLAC兼容性更好，支持多平台播放，而APE需要专用解码器。追求极致听感选APE，兼顾实用选FLAC。