琼脂糖本身导电性差，所以在电泳实验中必须外接电源产生电流。电流大小要根据琼脂糖浓度和凝胶厚度来定，设置过高容易烧坏凝胶，太低又无法让DNA跑到位。比如浓度0.8%的琼脂糖凝胶，通常用5mA电流跑1小时，浓度1.5%的就要调到10mA。

琼脂糖是绝缘材料，导电性主要靠溶解的缓冲液。实验数据显示，纯琼脂糖电阻率高达10^12Ω·cm，相当于完全不通电的状态。当加入0.1M的Tris-醋酸缓冲液后，电阻率降到10^5Ω·cm，这时候才能正常导电。电流设置的关键是平衡导电效率和热效应，比如1.5%琼脂糖凝胶在10mA下运行2小时，温度会上升3-5℃，超过这个范围就会导致凝胶变形。实验手册建议：浓度越高，电流越要分段测试，先低电流跑30分钟，再逐步调高观察DNA迁移情况。比如用1.2%琼脂糖时，先5mA跑30分钟，再10mA跑40分钟，15mA跑20分钟，这样既能保证迁移速度，又能避免局部过热烧穿凝胶。