墨水变稠后容易滋生微生物，微生物分解糖分蛋白质产生孢子，孢子在潮湿环境长成蘑菇。墨水结块是因为微生物代谢产物堵塞墨水通道，加上温度湿度高时更容易发生。比如中性墨水pH值6.5-8.0时微生物繁殖最快，温度25℃湿度70%环境下菌落生长速度是常温的3倍。

因为墨水里常添加糖类防腐剂和色素，这些成分在墨水变干后残留得比较多。微生物比如青霉属和曲霉属最喜欢吃这些有机物，它们分泌酶把糖分蛋白质分解成孢子。数据表明普通中性墨水在30天后菌落数增长超过10万CFU/g，而添加苯甲酸钠的墨水菌落数只有2000CFU/g。当墨水保存不当温度湿度超过25℃和60%时，微生物繁殖速度提高5-8倍。墨水结块其实是微生物形成的菌丝网把墨水颗粒粘在一起，就像发霉的馒头表面结块一样。比如实验室测试显示在35℃恒温箱里，普通墨水48小时后结块面积达到85%，而冷藏保存的墨水结块面积只有5%。微生物代谢产生的酸还会改变墨水pH值，pH值每下降0.5，结块速度就加快2倍。