跑胶时加marker主要是为了看DNA浓度和完整性，浓度越高条带越粗，位置对应不同片段。跑胶前加marker条带在跑胶后靠近跑胶液出口的地方，能通过条带深浅判断DNA纯度，跑胶时加marker还能看DNA有没有断裂，断裂了条带会变细或者分叉。跑胶时加marker条带和样本DNA条带一起跑，跑胶时间太短条带跑不整齐，电压不稳条带会变形。

跑胶加marker浓度一般在0.5-2μg/μL之间，浓度太高条带会盖住样本DNA，太低条带不明显。实验数据显示，当DNA浓度达到1μg/μL时， marker条带清晰可见，而浓度低于0.5μg/μL时，条带可能模糊甚至无法分辨。跑胶电压每增加10V，条带移动距离增加约1.5cm，所以电压不稳会导致marker条带位置偏移，影响判断。跑胶时间每延长30分钟，条带会多移动2cm左右，时间太短条带跑不进胶孔，太长条带会重叠。跑胶时加marker条带和样本DNA条带一起跑，跑胶时间太短条带跑不整齐，电压不稳条带会变形。