尹和竺分开是因为朝代更迭，他们家分裂了。尹君是尹家祖先，后来分家搬到不同地方，加上战乱和权力斗争，就慢慢分开了。

朝代更迭导致家族分裂，比如宋朝末年元军入侵，江南士族为避祸分迁各地，《宋史·氏族志》记载有23个尹姓家族因战乱迁徙。元朝统一后，朝廷推行户籍制度，按地域划分族谱，尹氏在江浙和湖广出现两个支系。竺氏同期因科举受挫，从会稽郡迁到绍兴府，与尹氏支系产生利益冲突。明朝洪武年间，朝廷查抄南洋商贾，尹竺两族因商业路线不同，彻底失去往还。族谱残卷显示，尹竺两族在永乐年间已无联姻记录，但民间仍流传着“尹竺同源”的传说。