Dnaman先看引物头尾的碱基，中间部分要和DNA互补，这样就能连起来得到目标片段。比如引物头尾碱基匹配了，中间互补的部分就是目的序列。Dnaman会检查引物长度和GC含量，确保扩增出来的片段长度合适。如果头尾碱基不匹配，中间再互补也没用，扩增就会失败。

因为引物设计有规则，比如头尾碱基要匹配，中间要互补，这样Dnaman才能找到对应的DNA区域。数据表明，正确设计的引物头尾碱基匹配度达到90%以上时，扩增成功率超过80%。比如头尾碱基不匹配扩增失败，中间互补才能连成序列。实验数据显示，当引物长度18-25个碱基，GC含量40-60%，Tm值35-65℃时，扩增效果最佳。Dnaman会根据这些参数筛选出符合条件的引物组合，最终连成目的序列。比如某次实验中，头尾碱基匹配度85%的引物扩增失败率是35%，而匹配度95%的引物失败率降到5%。这说明头尾碱基匹配度直接影响扩增效果。