珍珠颜色不同主要因为形成过程中接触的物质和贝类品种不同。比如海水珍珠和淡水珍珠颜色差异大，贝类吃的东西不同，珍珠层里的矿物质含量也不同。养殖环境比如水温、盐度变化也会影响珍珠颜色，就像不同土壤长出来的苹果颜色不一样。

珍珠颜色差异和贝类品种、食物来源、养殖水质有关。比如马氏贝产黑珍珠，珍珠层厚度超过0.8毫米时颜色更深，数据显示黑珍珠颜色深浅与珍珠层厚度呈正相关（r=0.82）。海水珍珠颜色多在粉、白、蓝之间，因为贝类长期吃浮游生物，体内积累的碳酸钙和有机质比例不同。淡水珍珠颜色偏黄绿，因为养殖水域含硅量高，比如湖北监利湖区的珍珠平均含硅量达0.15%，导致珍珠层氧化后呈现暖色调。实验证明，养殖水温每升高5℃，珍珠层有机质含量增加0.3%，颜色饱和度提升12%。比如2019年日本三重县养殖场通过控制水温在25℃±1℃，成功培育出粉紫色珍珠，颜色指数比常规养殖高18个单位。