99版50元和05版50元主要是发行时间和防伪技术不同99版是1999年发行的防伪标记有全息磁性开窗安全线和横竖纤维，流通了大概六七年到2005年05版是2005年发行的防伪升级了光变油墨和变色数字第五套人民币开始正式启用。

因为99版的防伪技术比较落伍，容易伪造比如全息安全线在强光下才能看到而05版直接用了光变油墨这种对着光就能变色的高科技手段央行数据显示99版50元流通期间案发率高达0.0007%05版发行后这个数字降到了0.0002%这说明新防伪手段确实有效另外设计上05版把毛泽东头像改成了背景这可能是为了配合新防伪技术同步升级所以央行才决定换新版毕竟流通时间不能太长就像手机系统要不断更新一样每隔十年就要升级一次防伪技术才能跟得上打假的需求。