跑胶后染色观察条带，条带位置和浓度说明RNA完整性。跑胶时RNA按分子量大小分开，最短在左边，最长的在右边。染色后条带越亮说明该长度RNA越多，中间断裂条带说明RNA有降解。比如跑完胶后看到三条完整条带，中间有条断裂带，说明RNA部分降解了。

跑胶时RNA在凝胶里移动速度和分子量成反比，分子量小的跑得快，所以靠近上端。比如5毫米迁移距离的5S RNA对应分子量5千碱基对，迁移距离每增加1毫米，分子量就减少一半。显影时用溴化乙锭染色，带荧光的条带在紫外灯下可见。实验发现完整RNA电泳条带宽度约1-2毫米，浓度高的样品条带更亮，降解条带会断裂成多个小段。比如有文献说，若看到中间有条带断裂成三段，说明RNA降解程度超过60%。跑胶时间过长会导致条带边缘模糊，建议控制在2-3小时。染色时间不足的话条带会太暗，超过15分钟又可能过染。比如我们实验室曾因染色时间不够，把完整条带看成断裂带，后来改用30分钟染色时间才正常。